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总分机构的情况可分为两种情况。
1、情形一：异地分支机构向购货方开具发票或收款。
(1)A──────→B────→C
(2)A→B环节属于视同销售行为，在货物移送时，总机构视同销售向所在地税务机关申报缴纳增值税，同时，向异地分支机构开具发票。
(3)B→C环节属于销售行为。异地分支机构向客户收款或开具发票，分支机构应在货物的所有权转移后即销售实现时向分支机构所在地税务机关申报缴纳税款。同时，可根据从总机构取得的专用发票抵扣进项税额。
2、情形二：异地分支机构对购货方不开发票、不收款。
（1）国税发[1998]137号文件规定：受货机构既不向购货方收取贷款，也不开发票，应由总机构统一缴纳税款。
（2）然而，如上图所示：由于异地分支机构B的介入，A→c的销售环节已变为A→B→C.此时，如果异地分支机构B不向客户c开发票和收款，那么税务机关对总机构可供征税的环节就有两个：A→B即货物移送时；A→C即货物售出时。
（3）在实际工作中，税务机关对总机构是在货物移送时征税，还是在销售真正实现时征税？总机构的发票应在何时开具，向谁开具？现行税法并未对此作出明确规定，造成实际操作中税务机关执行不一，使得企业无所适从。因此，很有必要对此问题进行研究，并作出统一规定。
扩展资料：
总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法
一、经财政部和国家税务总局批准的总机构试点纳税人及其分支机构，按照本办法的规定计算缴纳增值税。
二、总机构应当汇总计算总机构及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应交增值税,抵减分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务已缴纳的增值税税款（包括预缴和补缴的增值税税款）后，在总机构所在地解缴入库。总机构销售货物、提供加工修理修配劳务，按照增值税暂行条例及相关规定就地申报缴纳增值税。
三、总机构汇总的应征增值税销售额，为总机构及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应征增值税销售额。
四、总机构汇总的销项税额，按照本办法第三条规定的应征增值税销售额和增值税适用税率计算。
五、总机构汇总的进项税额，是指总机构及其分支机构因发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务，支付或者负担的增值税税额。总机构及其分支机构用于发生《应税服务范围注释》所列业务之外的进项税额不得汇总。
六、分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务，按照应征增值税销售额和预征率计算缴纳增值税。计算公式如下：
（1）应预缴的增值税=应征增值税销售额×预征率
（2）预征率由财政部和国家税务总局规定，并适时予以调整。
（3 ）分支机构销售货物、提供加工修理修配劳务，按照增值税暂行条例及相关规定就地申报缴纳增值税。
七、分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务当期已预缴的增值税税款，在总机构当期增值税应纳税额中抵减不完的，可以结转下期继续抵减。
八、每年的第一个纳税申报期结束后，对上一年度总分机构汇总纳税情况进行清算。总机构和分支机构年度清算应交增值税，按照各自销售收入占比和总机构汇总的上一年度应交增值税税额计算。分支机构预缴的增值税超过其年度清算应交增值税的，通过暂停以后纳税申报期预缴增值税的方式予以解决。分支机构预缴的增值税小于其年度清算应交增值税的，差额部分在以后纳税申报期由分支机构在预缴增值税时一并就地补缴入库。
九、总机构及其分支机构的其他增值税涉税事项，按照营业税改征增值税试点政策及其他增值税有关政策执行。
十、总分机构试点纳税人增值税具体管理办法由国家税务总局另行制定。
参考资料：百度百科：总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法
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